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还在等三生三世?现在就来绘制惊艳单细胞图谱吧 !

作者:北京博奥晶典生物技术有限公司 2017-03-10T18:26 (访问量:3174)

还在等三生三世?现在就来绘制惊艳单细胞图谱吧!

 

10X Genomics单细胞测序

 

 

 

 

10x Genomics 公司ChromiumTM Single Cell 3'单细胞测序介绍

 

博奥晶典单细胞测序解决方案,采用10x Genomics公司最新的ChromiumTMSingle Cell3'系统,通过快速高效的单细胞标记、测序和分析,获得单细胞水平的数字化基因表达谱,可对复杂细胞群体进行深入细致分析,绘制单细胞图谱。这一技术可广泛应用于癌症,免疫,干细胞,胚胎分化发育,神经分化发育等研究,为疾病或遗传发育等研究等提供了前所未有的良好机遇。

 

 

➤ 在许多关键生命过程中,如疾病发生发展或胚胎发育,单个细胞的特定行为和异质性,可能导致重要甚至是决定性的后果。

 

➤ 由于生物样本中细胞异质性(Cellular Heterogeneity)的存在,重要的单细胞变化往往被细胞群体的平均化检测结果所掩盖。

 

➤ 单细胞测序,分析每个细胞的基因表达谱,实现群体中各细胞类型的转录特征谱辨别,并能深入揭示各细胞类型的基因表达差异。

 

➤ 高分辨率研究免疫系统细胞的动态变化,或者细分癌症患者的肿瘤细胞,包括恶性肿瘤细胞、免疫细胞和正常细胞等。

 

 

10x Genomics 公司ChromiumTM Single Cell 3'单细胞测序原理

 

 

通过ChromiumTMSingle Cell3'微滴生成系统,使每个微滴中分配到唯一的细胞,细胞裂解和反转录均在微滴内进行。由于每个微滴具有唯一的barcode序列,则源于同一微滴(即同一细胞)的反转录产物均带有相同的barcode,从而实现单细胞分辨率。

 

 

 

 

图:10x Genomics平台微滴生成和barcode标记原理

 

案例介绍

 

 

10xGenomics 公司最新的ChromiumTMSingle Cell3'单细胞测序 已在顶级杂志发表多篇重量级文章,应用于超级研究热点CRISPR等。

 

 

 

Fred Hutchinson癌症研究中心的研究人员与10x Genomics公司合作,应用ChromiumTMSingle Cell 3'单细胞测序检测来源于29个样本的约25万个单个细胞,验证了10x Genomics系统单细胞RNA测序的灵敏度和可靠性。并分析了来自急性髓性白血病患者的珍贵临床样品,研究造血干细胞移植前后,患者体内的免疫细胞亚群变化,在单细胞分辨率下确定受体和供体嵌合现象。研究结果发表于2017年1月16日的Nature Communication上。这项研究显示了10x Genomics 单细胞测序潜在的临床应用前景,并为未来的大样本研究奠定了基础 [1]

 

10x Genomics 单细胞测序与CRISPR结合,以在单细胞水平上实现高度多重CRISPR筛选。加州大学旧金山分校(UCSF)和Broad研究所的研究人员合作,通过在大量细胞中引入CRISPR基因编辑系统,并应用单细胞测序分析这些基因编辑的影响,高效分析复杂的基因调控网络,探索基因修饰如何影响细胞状态,并深入研究这些基因如何相互作用等。多篇研究结果连续发表于2016年的Cell[2-3]。

 

 

Reference

[1] Zheng G X Y, Terry J M, BelgraderP, et al. Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells [J].Nature Communications , doi: 10.1038/ncomms14049

[2] Adamson B, Norman T M, Jost M, et al. A multiplexedsingle-cell CRISPR screening platform enables systematic dissection of theunfolded protein response[J]. Cell , 2016, 167(7): 1867-1882. e21.

[3] DixitA, Parnas O, Li B, et al. Perturb-seq: dissecting molecular circuits withscalable single-cell RNA profiling of pooled genetic screens[J]. Cell ,2016, 167(7): 1853-1866. e17.

 

 

10x Genomics 公司ChromiumTM Single Cell 3'单细胞测序优势

 

1. 通过液滴-barcode-细胞的一一对应关系,实现单细胞分辨率

2. 无需单细胞分离等复杂操作过程

3. 一次建库测序可以获得1000到6000个细胞的转录组数据

4. 实现基于基因表达特征的细胞亚群体分析

 

 

10x Genomics公司ChromiumTM Single Cell 3'单细胞测序数据分析

 

博奥晶典数据分析采用10x Genomics公司配套开发的专用分析软件,主要分析内容包括:

单细胞基因表达谱

细胞群体PCA分析

细胞群体k-means聚类分析及可视化

细胞亚群相关性分析

GO注释和显著性富集分析

Pathway注释和显著性富集分析、

细胞群体间差异表达分析

群体间差异表达基因注释和显著性富集分析

 

 

 

 

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邮箱:bioservice@capitalbiotech.com

 

 

 

 

博奥晶典科研服务事业部 李莹、吴洁、张西轩 | 文案

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