胰岛素抵抗基因表达PCR芯片包括胰岛素和脂联素信号通路相关的脂肪基因、通常在NIDDM中失调的基因、先天免疫和炎症过程有关的基因，以及碳水化合物和脂质代谢过程中重要的酶和转运蛋白相关基因。
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目标区域捕获是针对感兴趣的特定基因组区域，设计探针富集特定基因组区域，并通过高通量测序技术检测目标区域特定的遗传性突变或者体细胞突变。目标区域测序可用于寻找复杂疾病如癌症、糖尿病、肥胖症等的致病基因和易感基因，为攻克人类的这些疑难杂症提供一种全新的方
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在癌组织中，与野生型DNA序列的高含量相比，体细胞突变往往只是微乎其微的量。在这样一个大量野生型等位基因存在的背景下检测这些稀有突变是相当具有挑战性的。
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全基因组表达谱芯片，是将针对全部基因（或者全转录本）设计的探针通过原位合成的技术固定在玻片上，通过芯片杂交、扫描等技术检测基因表达、可变剪切的技术。
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女性不育信号通路基因表达PCR芯片检测怀孕早期子宫内膜变化相关基因的表达。利用该芯片研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测胚胎着床和女性不育相关的基因表达。
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药物代谢基因表达PCR芯片上的基因编码的酶对药物运输（如金属硫和P-糖蛋白），I 期新陈代谢（特别是P450家族），II期代谢（如转移酶和水解酶）有重要作用。
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肿瘤转移PCRArray可以同时检测已知的参与肿瘤转移的84个基因的表达。芯片所选的基因编码以下几类蛋白因子：细胞黏附、ECM成分、细胞周期、细胞生长和增殖、凋亡、转录因子和调节子以及其他一些转移相关因子。
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Notch信号靶标基因表达PCR芯片包含了Notch经典信号通路的转录因子和研究验证得到的高关联性靶标基因，通过该芯片得到的结果可用于Notch信号传导激活和抑制研究。
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